賞与は法で決められたものではなく、支給の有無、計算方法、支給日など、会社の就業規則等によって任意に定められる制度です。
ただし、支給することを定めた場合は支給されなければならず、労働基準法上の賃金として扱うことになります。

年休を取得した日を欠勤として賞与を減額することはできませんし、減給の制裁についても労基法が適用されます。

減給の制裁とは、職場規律に違反した労働者に対する制裁として、本来の賃金から一定額を差し引くことです。
労基法では、減給の処分は、1つの事案につき平均賃金の1日分の半額まで、総額が月給の10分の1までとされています。
遅刻を8回した場合、平均賃金4日分までは減給できますが、その額が月給の10分の1を超える場合、超える部分は、次期以降の給料から控除することが可能です。

自己都合により欠勤、遅刻・早退した労働者に対して、例えば、3時間欠勤したので3時間分の賃金を差し引くことは、ノーワーク・ノーペイであり、制裁としての減給ではありません。
一方、遅刻3回で欠勤1日として賃金をカットした場合、実際に労務提供がなかった時間数を超えるカットになれば制裁であり、上記の範囲内でしか減給できません。

賞与から控除する場合も同様に、1回の事案について平均賃金の2分の1、賞与額の10分の1までとなります。

賞与額は、算定期間中の実績や勤務態度などを反映して決定されることがありますが、すでに決定された賞与額から遅刻等の回数に応じて控除する場合は減給の制裁になります。
一方、算定期間中の勤務評価の結果、例えば、遅刻3回で欠勤1日と査定し、その結果として支給額が決定されるのは、減給の制裁ではなく、賞与額の計算方法のひとつと考えられます。